aaaaCzęsto usiłujemy ukryć nasze uczucia przed tymi, którzy powinni je poznać.aaaa [ Pobierz całość w formacie PDF ]
Z PRAKTYKI
Markery miniSTR jako nowa technologia
badania œladów biologicznych w kryminalistyce
We wspó³czesnym œwiecie, w któ-
rym przestêpstwa, ataki terrorystycz-
ne i klêski ¿ywio³owe stwarzaj¹
ogromne zagro¿enie dla ludzi, iden-
tyfikacja osobnicza jest niezmiernie
wa¿na. Dziêki odkryciom z dziedziny
biologii molekularnej dokonanym
w po³owie lat 80. przez A.J. Jeffrey-
sa
1
mo¿liwa sta³a siê indywidualiza-
cja œladu biologicznego i wskazanie,
z prawdopodobieñstwem granicz¹-
cym z pewnoœci¹, konkretnej osoby,
od której œlad pochodzi. Dziêki opra-
cowaniu metody powielania pojedyn-
czych fragmentów DNA nast¹pi³
prze³om w badaniu œladów biologicz-
nych. Metoda zaproponowana przez
Mullisa
2
, zwana technik¹ amplifikacji
PCR (Polymerase Chain Reaction),
umo¿liwi³a bowiem badanie materia-
³u zawieraj¹cego znikom¹ iloœæ DNA
i dawa³a szansê na badania DNA
czêœciowo zdegradowanego, pocho-
dz¹cego np. z ekshumowanych
zw³ok
3
.
Obecnie do badañ na potrzeby
identyfikacji osobniczej wykorzysty-
wane s¹ najczêœciej sekwencje mi-
krosatelitarne zwane krótkimi powtó-
rzeniami tandemowymi – STR (Short
Tandem Repeats). Markery STR s¹
silnie polimorficzne i mo¿na dziêki
nim uzyskaæ wynik genotypowania
z bardzo ma³ej iloœci materia³u biolo-
gicznego
4
. Analiza DNA za pomoc¹
zestawów multipleksowych STR,
z zastosowaniem reakcji PCR w ruty-
nowym postêpowaniu, pozwala na
osi¹gniêcie bardzo du¿ej si³y dyskry-
minacji.
W niektórych przypadkach przed-
miotem badañ s¹ próbki DNA
o znacznym stopniu zdegradowania.
Ró¿ne czynniki atmosferyczne, jak
wysoka temperatura i wilgotnoϾ,
promieniowanie UV oraz ogieñ powo-
duj¹ fragmentacjê DNA do krótkich
odcinków (w komórkach zachodz¹
wówczas procesy biochemiczne,
oksydacyjne i bakteryjne)
5
. Z mate-
ria³em zdegradowanym specjaliœci
mieli do czynienia podczas badania
DNA ofiar ataku terrorystycznego na
Word Trade Center z 11 wrzeœnia
2001 r. Œlady biologiczne wystêpuj¹
ponadto na rozmaitych pod³o¿ach,
które mog¹ zawieraæ substancje che-
miczne hamuj¹ce reakcjê PCR. Do
takich czynników nale¿y miêdzy inny-
mi znajduj¹cy siê w tkaninach d¿inso-
wych barwnik indygo czy kwas humi-
nowy obecny w glebie.
W sytuacji gdy DNA jest silnie zde-
gradowane lub reakcja PCR jest ha-
mowana, analiza zestawem multi-
pleksowym STR uniemo¿liwia uzy-
skanie pe³nego profilu
6
. J.M. Butler
7
i B. Budowle
8
poszukiwali odpowied-
niego zestawu multipleksowego do
analizowania zdegradowanego DNA.
Zauwa¿yli, ¿e krótsze amplikony da-
j¹ wiêksz¹ szansê na otrzymanie
produktu PCR z powielanych frag-
mentów
9
. Do systemów zawieraj¹-
cych niskocz¹steczkowe markery
daj¹ce amplikony o niewielkich d³u-
goœciach nale¿¹ markery polimorfi-
zmu pojedynczego nukleotydu SNP
(Single Nucleotide Polymorphism)
oraz markery miniSTR maj¹ce krót-
kie regiony flankuj¹ce
10
.
Komercyjne markery multiplekso-
we STR generuj¹ produkty w zakre-
sie d³ugoœci od 100 do 450 par za-
sad
11
, natomiast produkty amplifika-
cji miniSTR mieszcz¹ siê w zakresie
d³ugoœci od 50 do 150 par zasad
12
.
Markery SNP pozwalaj¹ osi¹gn¹æ
amplikony o najmniejszej wielkoœci
(40 par zasad), dlatego mog³yby byæ
bardziej preferowane ni¿ markery mi-
niSTR. Nale¿y zauwa¿yæ, ¿e zesta-
wy multipleksowe SNP obejmuj¹ du-
¿¹ liczbê analizowanych uk³adów,
wahaj¹c¹ siê w granicach od 40 do
50 loci. W takiej sytuacji trudno o od-
twarzalnoϾ i powtarzalnoϾ wyni-
ków badañ, zmniejsza siê równie¿
efektywnoϾ amplifikacji
13
. Aby uzy-
skaæ lepsz¹ jakoœæ profili, mo¿na,
prowadz¹c reakcje wieloprobówko-
we, stosowaæ równoczeœnie kilka ze-
stawów multipleksowych SNP. Takie
rozwi¹zanie wymaga jednak wyko-
rzystania du¿ej iloœci materia³u ge-
netycznego
14
, a wyniki nie daj¹
mo¿liwoœci porównywania ich z profi-
lami oznaczanymi w systemach mul-
tipleksowych STR zarejestrowanymi
w narodowych bazach danych
DNA
15
. Optymalnym rozwi¹zaniem
w przypadku badañ zdegradowa-
nych œladów jest wiêc wykorzystanie
markerów miniSTR, które daj¹ mo¿li-
woœæ takiego porównywania. Amplifi-
kowany obszar w locus miniSTR po-
winien zostaæ skrócony poprzez
przesuniêcie starterów w stronê ob-
szaru repetetywnego na jak naj-
mniejsz¹ odleg³oœæ.
Prowadz¹c badania, najwy¿sz¹
czu³oœæ uzyskiwano dla produktów
posiadaj¹cych wielkoœæ poni¿ej 150
par zasad
16
, co zainicjowa³o debatê
na temat tego, który ze znanych sys-
temów pozwoli na uzyskiwanie naj-
lepszych wyników
17
.
Rozwój technologii i wprowadza-
nie nowych metod badawczych do la-
boratoriów kryminalistycznych s¹ ko-
ordynowane przez miêdzynarodowe
organizacje, które wytyczaj¹ standar-
dy gwarantuj¹ce wysok¹ jakoœæ ba-
dañ. ENFSI – Europejska Sieæ
Laboratoriów Kryminalistycznych
(European Network of Forensic
Science Institutes) we wspó³pracy
z ENDAP – Europejsk¹ Grup¹ Profi-
lowania DNA (European DNA Profi-
ling Group) opublikowa³a seriê doku-
mentów dostarczaj¹cych wskazówek
56
PROBLEMY KRYMINALISTYKI 258/07
Z PRAKTYKI
i rekomendacji, które dotycz¹ badañ
polimorfizmu DNA na potrzeby iden-
tyfikacji osobniczej. Celem publikacji
by³a standaryzacja metodyki profilo-
wania DNA umo¿liwiaj¹ca porówny-
wanie uzyskanych wyników miêdzy
laboratoriami w ca³ej Europie.
W laboratoriach europejskich sto-
suje siê kilka komercyjnych zesta-
wów STR
18
i chocia¿ oficjalna liczba
loci akceptowana przez Interpol wy-
nosi 7 (International Standard Set of
Loci, w skr. ISSOL), to wiele labora-
toriów prezentuje wyniki badañ po-
równawczych w znacznie wiêkszym
zakresie analizowanych uk³adów.
W krêgach kryminalistycznych okre-
œlono podstawowe zestawy marke-
rów STR, których nale¿y u¿ywaæ
w celu identyfikacji osób. Przyk³a-
dem mo¿e byæ amerykañskie Fede-
ralne Biuro Œledcze (Federal Bureau
of Investigation), które wyznaczy³o
dla swoich baz danych 13 loci STR
systemu CODIS (Combined DNA In-
dex System). Ze wzglêdu na szero-
kie zastosowanie stanowi¹ one dla
naukowców idealny materia³ wyj-
œciowy do projektowania nowych
starterów
19
. W celu polepszenia ja-
koœci wyników analiz zdegradowa-
nego DNA grupy ENFSI i EDNAP
opracowa³y zalecenia, wedle któ-
rych nale¿y zmieniaæ obecnie u¿y-
wane zestawy multipleksowe. Wpro-
wadzanie innowacji powinno przy-
czyniæ siê do zwiêkszenia si³y dys-
kryminacji oraz poprawy czu³oœci te-
stów
20
. Z tego powodu zestawy mi-
niSTR ciesz¹ siê szczególnym zain-
teresowaniem.
Butler i wsp.
21
zaprezentowali no-
we startery, które amplifikuj¹ 13 loci
STR systemu CODIS, a tak¿e marke-
ry Penta D, Penta E i D2S1338.
Wszystkie znajduj¹ siê w komercyj-
nych zestawach STR (tab. 1).
Ka¿dy z markerów STR zmniej-
szono o tak¹ iloœæ par zasad, na jak¹
pozwala³a budowa sekwencyjna da-
nego markera. Sekwencje referencyj-
ne dla skracanych markerów STR
otrzymano z Banku Genów
22
(tab. 2).
Tabela 1
Zestawienie loci komercyjnych zestawów multipleksowych z systemami miniSTR. Kolorem ¿ó³tym oznaczono zestaw loci ENFSI,
kolorem niebieskim dodatkowe loci CODIS niewchodz¹ce w sk³ad zestawu ENFSI
Commercial sets of STR markers compiled with miniSTR systems. ENFSI loci are marked yellow,
CODIS loci are marked blue
Komercyjne zestawy multipleksowe STR
Komercyjne zestawy
multipleksowe miniSTR
Zestawy miniSTR zaproponowane
przez Butlera i wsp.
Układ
D3S1358
+ + + + + + +
+ +
vWA
+ + +
+ + + +
+ +
+
D16S539
+ +
+
+
+
+
+
D2S1338
+ +
+
+
AMG
+ + + + + + + + + +
+
D8S1179
+ + +
+ +
+ +
+
D21S11
+ + +
+ +
+
+ +
+
+
D18S51
+ + +
+ +
+
+ +
+
D19S433
+ +
TH01
+ +
+ + + + +
+ + +
+
+
FGA
+ + +
+ + +
+
+ +
+
+
CSF1PO
+
+ + +
+
+ +
+
D5S818
+ +
+ +
+
+
D7S820
+ + + + +
+
+
+
+
D13S317
+ +
+ +
+
+
+
TPOX
+
+ + +
+
+
+
Penta D
+
+
Penta E
+
+
SE33
+
+
*
+
* W podanym zestawie marker dla locus SE33 nie zosta³ skrócony
PROBLEMY KRYMINALISTYKI 258/07
57
Z PRAKTYKI
Tabela 2
Redukcja wielkoœci amplikonów loci miniSTR
Size reduction of amplicons within miniSTR loci
Redukcja rozmiaru amplikonu
Układ STR
Numer dostępu Banku Genów
dla sekwencji referencyjnej
MiniFiler
TM
MiniSTR
D3S1358
NT_005997
25 pz
3
vWA
M25858
64 pz
3
D16S539
AC024591
157 pz
1
152 pz
2
D2S1338
AC010136
183 pz
1
198 pz
1
D8S1179
AF216671
37 pz
3
D21S11
AP000433
33 pz
1
33 pz
3
D18S51
AP001534
168 pz
1
151 pz
3
TH01
D00269
105 pz
2
FGA
M64982
87 pz
1
71 pz
3
CSF1PO
X14720
201 pz
1
191 pz
2
D5S818
AC008512
53 pz
3
D7S820
AC004848
129 pz
1
117 pz
3
D13S317
AL353628
99 pz
1
105 pz
3
TPOX
M68651
148 pz
2
Penta D
AP001752
282 pz
4
Penta E
AC027004
299 pz
4
Plus
2 – porównanie z zestawem CoFiler
®
3 – porównanie z zestawem Profiler Plus
®
4 – porównanie z zestawem PowerPlex16
®
oraz SGM
1 – in comparison with Identifiler
®
and SGM Plus
2 – in comparison with CoFiler
®
3 – in comparison with Profiler Plus
®
4 – in comparison with PowerPlex16
®
Do projektowania mo¿liwie naj-
mniejszych produktów PCR dla ka¿-
dego markera u¿yto dostêpnego
w Internecie programu „Primer3”
23
,
programu ³atwego w obs³udze
i umo¿liwiaj¹cego definiowanie para-
metrów, jak minimalna i maksymalna
d³ugoœæ startera, temperatura top-
nienia czy wielkoϾ produktu PCR.
Obszar powielany zawiera³ region
powtarzalny STR oraz regiony flan-
kuj¹ce, w których zaobserwowano
czêœciowe powtórzenia lub jednonu-
kleotydowe ci¹gi powtórzeñ. Wyj-
œciowa wielkoœæ produktu PCR, jak¹
ustawiano w punkcie startowym „Pri-
mer3”, wynosi³a 80–100 par zasad.
Temperatura topnienia dla efektyw-
nego startera obliczona na podsta-
wie wzoru podanego przez Maniatisa
i wsp.
24
powinna mieœciæ siê w za-
kresie od 57
o
C do 63
o
C i byæ zbli¿o-
na do temperatury hybrydyzacji PCR
wynosz¹cej 55
o
C. WysokoϾ tempe-
ratury topnienia zale¿y od d³ugoœci
startera oraz iloœci zawartych w nim
zasad G oraz C
25
.
Niektóre markery STR maj¹ se-
kwencje flankuj¹ce, zawieraj¹ce poli-
morficzne nukleotydy, a tak¿e nukle-
otydowe ci¹gi powtórzeñ, insercje lub
delecje, co mo¿e uniemo¿liwiaæ sta-
bilne przy³¹czenie startera do matry-
cy DNA. Nie wszystkie startery mog¹
zostaæ wiêc zaprojektowane tak, aby
przy³¹czaæ siê najbli¿ej obszaru po-
wtórzeñ STR. Projektuj¹c startery dla
danego markera, nale¿y ka¿dorazo-
wo uwzglêdniaæ budowê sekwencyj-
n¹ obszaru flankuj¹cego. Przyk³a-
dem mo¿e byæ locus D7S820, w
którym rozci¹gniêcie sekwencji poly-T
umiejscowione jest w odleg³oœci trzy-
nastu nukleotydów za rdzeniem po-
wtórzenia GATA i zawiera 8, 9 lub 10
nukleotydów tyminowych
26
. Taki poli-
morfizm rozci¹gniêæ T powoduje bar-
dzo du¿y wzrost liczby wariantów al-
leli, dlatego starter odwrócony (rever-
sed) dla locus D7S820 powinien zo-
staæ zaprojektowany w taki sposób,
aby obszar powielany obejmowa³
rozci¹gniêcia poly-T. Pozwala to uzy-
skaæ pe³n¹ zgodnoœæ z wynikami
otrzymanymi dla komercyjnych ze-
stawów STR
27
.
Zestawy multipleksowe miniSTR
mog¹ poprawiæ wyniki analizy STR
w przypadkach, gdy dosz³o do tzw.
wypadania alleli (drop out) na skutek
polimorfizmu pojedynczego nukleoty-
du w obszarze przy³¹czania startera.
Tego typu zjawisko zaobserwowano
58
PROBLEMY KRYMINALISTYKI 258/07
1 – porównanie z zestawami Identifiler
®
Z PRAKTYKI
dla locus D8S1179 w zestawie Profi-
ler Plus
®
– w miejscu przy³¹czenia
startera odwróconego (55 nukleotyd
poni¿ej powtórzenia) wystêpowa³ po-
limorfizm pojedynczego nukleotydu.
Spowodowa³o to wypadanie alleli dla
niektórych próbek pochodz¹cych
z Azji
28
. Odwrócony starter miniSTR
D8S1179 zosta³ zaprojektowany tak,
aby obszar jego przy³¹czania znajdo-
wa³ siê poza tym polimorfizmem, co
z kolei eliminuje ryzyko wyst¹pienia
zjawiska wypadania alleli.
W przypadku umieszczania starte-
rów w bezpoœrednim s¹siedztwie re-
gionu powtarzalnego STR z pominiê-
ciem regionu flankuj¹cego, w którym
wystêpuje insercja lub delecja, mo¿li-
we jest uzyskanie produktu amplifika-
cji z allelem zdefiniowanym inaczej
ni¿ w zestawie komercyjnym. Na
przyk³ad w locus D13S317 J. Drabek
i wsp. definiowali allele 11 i 13
29
z u¿yciem zestawu minipleksowego
zaproponowanego przez Butlera
i wsp.
30
, natomiast z u¿yciem zesta-
wów Identifiler
®
i Power-
Plex 16
®
allele 10 i 13. Porównanie
uzyskanych wyników analiz próbek
tego samego DNA za pomoc¹ komer-
cyjnego zestawu multipleksowego
Identifiler® i zestawu miniSTR w ob-
rêbie locus D13S317 przedstawia ry-
cina 1
31
.
Zjawisko to by-
³o spowodowane
potencjaln¹ dele-
cj¹ czterech nu-
kleotydów TGTC
w obszarze flan-
kuj¹cym, znajdu-
j¹c¹ siê w odle-
g³oœci 24 par za-
sad za blokiem
powtórzeñ TATC.
Komercyjne ze-
stawy definiowa³y
allel z delecj¹ jako
posiadaj¹cy 10
powtórzeñ. Ich
faktyczn¹ liczbê –
11, ujawni³o do-
piero przesuniê-
cie starterów z pominiêciem obszaru
delecji
32
. Przesuniêcie starterów mi-
niSTR poza obszar wystêpowania
delecji przedstawia rycina 2
33
.
Butler i wsp.
34
zaobserwowali, ¿e
istnieje mo¿liwoœæ umieszczenia koñ-
ca 3’ startera w obszarze powtarzal-
nym STR. Starter zosta³
zaprojektowany tak, aby
przy³¹czaæ siê o dwa
pe³ne powtórzenia po-
wy¿ej obszaru repete-
tywnego. Mimo to nadal
uzyskiwano wydajn¹
amplifikacjê. Przyk³adem
mo¿e byæ zestaw zawie-
raj¹cy przesuniêty star-
ter frontowy (forward)
TPOX, nachodz¹cy na
obszar czterech zasad,
czyli na jedno pe³ne po-
wtórzenie
35
.
Coble wraz z Butle-
rem kontynuowali prace
nad nowymi markerami
miniSTR. Wspólnie zaprojektowali
i przetestowali startery dla nastêpuj¹-
cych loci: D1S1677, D2S441,
D4S2364, D10S1248, D14S1434
oraz D22S1045. Najwiêksz¹ si³ê dys-
kryminacji uzyskano dla D2S441,
D10S1248 i D22S1045
36
. Znalaz³o
to odzwierciedlenie w wytycznych
grup EDNAP/ENFSI dotycz¹cych
ujednolicenia systemu dzia³aj¹cego
w Europie i zalecaj¹cych w³¹czenie
tych trzech uk³adów miniSTR do
standardowego zestawu loci (IS-
SOL).
Narodowe bazy danych DNA zo-
sta³y stworzone na bazie ró¿nych ze-
Ryc. 2. Schemat przedstawiaj¹cy przesuniêcie starterów STR
z pominiêciem obszaru delecji
Fig. 2. Shifting STR markers outside deletion region
stawów multipleksowych STR, dlate-
go podczas zastêpowania ich marke-
rami miniSTR bêd¹ musia³y zostaæ
uwzglêdnione wymagania poszcze-
gólnych krajów. Konieczne staje siê
wprowadzenie zestawów z wieloma
markerami, wœród których nowe loci
koegzystowaæ bêd¹ z dotychczaso-
wymi. Rdzeñ 7 loci ISSOL, wykorzy-
stywany w narodowych bazach da-
nych DNA, bêdzie zastêpowany mar-
kerami miniSTR poprzez skracanie
amplifikowanych obszarów. Zalet¹
markerów miniSTR jest zachowanie
kompatybilnoœci oznaczanych profili
DNA z profilami ju¿ znajduj¹cymi siê
w bazach danych DNA
37
. G³ówne
zalecenie dotycz¹ce nowych starte-
rów mówi o tym, ¿e ich wbudowywa-
nie powinno nastêpowaæ blisko regio-
nów repetetywnych
38
.
Dyskusja cz³onków grup ED-
NAP/ENFSI z producentami pokaza-
³a, ¿e istniej¹ znaczne ograniczenia
w produkcji zestawów multiplekso-
wych zgodnych z przedstawionymi
wymaganiami. Do rozwoju nowych
multipleksów zawieraj¹cych wiêcej
Ryc 1. Porównanie wyników analiz próbek DNA pochodz¹cych od tej samej
osoby za pomoc¹ komercyjnego zestawu multipleksowego Identifiler
®
ize-
stawu miniSTR zaprojektowanego przez Butlera i wsp. w obrêbie locus
D13S317
Fig. 1. Comparison of results obtained from Identifiler
®
and miniSTR set
designed by Butler et. al with the same DNA samples using the D13S317
marker
PROBLEMY KRYMINALISTYKI 258/07
59
Z PRAKTYKI
ni¿ 13 loci STR potrzebne s¹ czas
i znaczne nak³ady œrodków, dlatego
producenci zasugerowali, aby stop-
niowo wdra¿aæ markery miniSTR.
Pozwoli to na ostro¿ne œledzenie
zmian na ka¿dym etapie rozwoju
i umo¿liwi odpowiednie poczynienie
z dodaniem dwóch loci midiSTR
(120–180 par zasad) o du¿ej sile dys-
kryminacji. Zak³ada siê, ¿e nowy ze-
staw multipleksowy by³by stworzony
w oparciu o komercyjne zestawy
STR. Wiele laboratoriów wyrazi³o
chêæ do³¹czenia zwalidowanych ju¿
nie bêdzie mo¿liwoœci efektywnego
porównywania wyników analiz w eu-
ropejskich bazach danych. Przedsta-
wione strategie mog³yby zostaæ
w póŸniejszym czasie po³¹czone
(ryc. 3), co doprowadzi³oby do uzy-
skania zestawu multipleksowego 15
loci miniSTR. Proces ten by³by kiero-
wany przez grupy EDNAP/ENFSI
41
.
Podczas tworzenia nowych zesta-
wów zostan¹ uwzglêdnione równie¿
lokalne wymagania, które jednak po-
zostan¹ poza zakresem rekomenda-
cji
42
, takie jak wprowadzenie locus
SE33 dla laboratoriów niemieckich.
Wed³ug aktualnych wytycznych
nale¿y wprowadzaæ systemy mi-
niSTR jako sposób zwiêkszenia czu-
³oœci analizy. G³ównym celem nie jest
wprowadzenie metody o bardzo
wysokiej czu³oœci czy odpowiednika
metody niskiej liczby kopii (Low Copy
Numer, w skr. LCN), lecz u³atwienie
analizy czêœciowo zdegradowanego
DNA poprzez zwiêkszenie si³y dys-
kryminacji i poprawienie efektywno-
œci porównañ wyników miêdzy naro-
dowymi bazami danych. Trzeba mieæ
równie¿ na uwadze fakt, ¿e im wiêcej
loci zawiera zestaw multipleksowy,
tym mniejsza jest wydajnoϾ procesu
amplifikacji, a tak¿e powtarzalnoœæ
i odtwarzalnoϾ metody. Oznacza to,
¿e dobre wyniki osi¹ga siê dziêki
kompromisowi polegaj¹cemu na wy-
poœrodkowaniu miêdzy rozmiarem
zestawu, a jego efektywnoœci¹
43
.
Strategia 1
Strategia 1
10 niskocz¹steczkowych loci + 3 loci
miniSTR
=
13 loci miniSTR dla pañstw
u¿ywaj¹cych SGM Plus
TM
6 niskocz¹steczkowych loci
istniej¹cych systemów
+
mo¿liwoœæ dodania
D12S391 i D1S1656
=
zestaw multipleksowy miniSTR
Mo¿liwoœæ dodania
D12S391 i D1S1656
Wprowadzenie kolejnych loci
miniSTR
Po³¹czenie strategii 1 i 2 z uwzglêdnieniem ró¿nic narodowych.
15 loci miniSTR dla baz danych u¿ywaj¹cych systemu SGM Plus
TM
Ryc. 3. Strategie wprowadzania zestawów multipleksowych miniSTR
Fig. 3. Strategies of introduction the miniSTR multiplexes
dalszych kroków. W zwi¹zku z tym
wy³oni³y siê dwie ró¿ni¹ce siê, lecz
równoleg³e strategie, z których pierw-
sza zak³ada utworzenie zestawu 13
loci miniSTR. Najprostszym rozwi¹-
zaniem technicznym jest zatem po³¹-
czenie 10 zredukowanych loci SGM
Plus
TM
z trzema nowymi markerami
miniSTR – D10S1248, D2S441 oraz
D22S1045. Takie rozwi¹zanie zwiêk-
szy³oby wydajnoœæ i si³ê dyskrymina-
cji nowego zestawu
39
, co w efekcie
skróci³oby czas wprowadzenia nowe-
go systemu. Laboratoria preferuj¹ce
tê strategiê wol¹ u¿ywaæ jednego ze-
stawu multipleksowego dla oznacza-
nia wszystkich rodzajów materia³ów
dowodowych, w tym równie¿ próbek
wysoce zdegradowanego DNA.
Druga strategia zak³ada wykorzy-
stanie zestawu multipleksowego STR
sk³adaj¹cego siê z szeœciu obecnie
u¿ywanych wysokocz¹steczkowych
markerów STR zmodyfikowanych
tak, by uzyskaæ mniejsze amplikony
przez EDNAP loci midiSTR:
D12S391 oraz D1S1656. Zalet¹ tych
loci jest wysoka si³a dyskryminacji
(0,0067). Rozwa¿a siê równie¿ w³¹-
czenie locus TPOX, który mo¿e byæ
zaprojektowany jako miniSTR. Posia-
da on relatywnie ma³¹ si³ê dyskrymi-
nacji, dlatego jest przedmiotem dys-
kusji. Nowy zestaw multipleksowy nie
zast¹pi³by obecnie u¿ywanych
zestawów, stanowi³by zaœ alterna-
tywn¹ metodê postêpowania w przy-
padku zdegradowanego materia³u
genetycznego: dwa zestawy multi-
pleksowe u¿ywane równolegle dawa-
³yby mo¿liwoœæ prowadzenia powi¹-
zañ badañ œladów z profilami znajdu-
j¹cymi siê w narodowych bazach da-
nych DNA. Niew¹tpliwie jest to zalet¹
powy¿szej propozycji
40
.
Nadrzêdnym wymaganiem w sto-
sunku do nowych strategii jest zwiêk-
szenie liczby 7 uniwersalnych loci
ISSOL, które mog³yby byæ u¿ywane
w ca³ej Europie. W przeciwnym razie
Magdalena Spólnicka
Jacek Drabik
tab. i ryc. 3.: autorzy
PRZYPISY
1
A.J. Jeffreys, V. Wilson, S.W.
Thein: Hypervariable „minisatellite”
regions in human DNA, „Nature”
1985, nr 314, s. 67–73;
2
K.B. Mullis., A.F. Faloona: Specific
synthesis of DNA in vitro via a poly-
merase-catalyzed chain reaction,
„Methods in Enzymology” 1987, nr
155, s. 350–355;
60
PROBLEMY KRYMINALISTYKI 258/07
[ Pobierz całość w formacie PDF ]